Kontenery, inaczej niż wirtualizacja, są uruchamiane w kontekście jądra systemu Linux. Dzięki temu same nie zawierają własnego systemu operacyjnego, ułatwiając administrację, a także zwiększając gęstość i optymalizując wykorzystanie zasobów serwerowych.
Docker Enterprise to również możliwość integracji i budowania kompletnych rozwiązań kontenerowych, dzięki ustandaryzowanym formatom obrazów opisanych przez Open Container Initiative (OCI) oraz dobrze znanemu interfejsowi API.